禰御門神社例祭は、以前は10月16日・17日におこなわれていましたが、現在では大宮八幡宮秋季例大祭と同じ毎年10月のスポーツの日直前の土日に行われる。
宵宮は屋台蔵を出立ちした後、氏子地区である大村地区に加え、三木鉄道記念公園まで巡行し、子ども屋台と共に宮入りする。宮入り後は屋台練りと獅子舞の奉納が行われる。本宮は、午後に禰ノ御門神社で獅子舞を奉納した後に大村屋台は宮出し、大宮八幡宮の氏子地区を巡行した後、大宮八幡宮に宮入り宮出を行う。

宵宮では、午前中に屋台蔵を出立ちした後、氏子地区の大村地区に加え、地区外の三木鉄道記念公園まで足を延ばし、その雄姿を披露する。夕刻には大村坂にある薬師堂から担ぎ上げて、子ども屋台と共に禰御門神社に宮入りと境内での練りとなる。また、境内では神事の他、獅子舞が奉納される。
本宮では、午後に大村屋台が大宮八幡宮に向かうため、禰御門神社を宮出する。